La construction débute en 2003 avec un budget de 1,5 millions d’euros. La conception a été élaborée gracieusement par l’architecte bordelais Dridi Naoufel, qui a conçu également la Mosquée de Massy et participé à la conception de la Grande mosquée de Reims. Le coût total évoqué est de plus de 3,5 millions d’euros au bout de 16 ans, financé majoritairement à travers Musulmans de France.

L’imam de la grande mosquée et président de l’association Communauté Musulmane de Poitiers, Boubaker El Hadj Amor, revendique la filiation de la mosquée à Musulmans de France (ex-UIOF), dont il est souvent présenté comme un pilier.